Protein-Interaktionsscreening durch quantitative Massenspektrometrie

Leitung:		Dr. Matthias Selbach
Institut:		Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin (MDC) Berlin-Buch
Homepage:		www.mdc-berlin.de

Um Netzwerke neurodegenerativer Erkrankungen verstehen zu können, sind detaillierte Informationen über die beteiligten Protein-Protein Interaktionen von zentraler Bedeutung. Biochemische Methoden zur Identifikation von Interaktionspartnern liefern im Vergleich zu genetischen Screens (Y2H) weitgehend komplementäre Daten.
In diesem Teilprojekt sollen daher Interaktionspartner ausgewählter Proteine durch Affinitätsaufreinigung und quantitative Massenspektrometrie identifiziert werden. Darüber hinaus werden wir untersuchen, inwiefern Krankheits-assoziierte Mutationen die Interaktionen beeinflussen. Dazu werden wir eine Methode entwickeln und anwenden, die auf der Kombination von Affinitätsaufreinigung mit quantitativer Massenspektrometrie basiert. Grundprinzip ist dabei der quantitative Vergleich der Interaktionspartner von immobilisierten Fusionsproteinen mit geeigneten Kontrollen. Spezifische Bindungspartner werden anhand ihres charakteristischen Abundanzverhältnisses identifiziert. Durch Kombination unserer Daten mit den Y2H Daten aus anderen NeuroNet-Teilprojekten hoffen wir, die meisten relevanten Interaktionspartner auffinden zu können. Die spezifischen Interaktionspartner Krankheits-assoziierten Formen liefern außerdem eine direkte Verbindung zu Phänotypen.