NGFN-PLUS

Identifizierung von Spleiß-Varianten, miRNA Analysen und Validierung

Leitung:    PD Dr. Holger Sültmann
Institut: Deutsches Krebsforschungszentrum
Homepage: www.dkfz.de
TP5 hatte zum Ziel, validierte Gene, miRNA Marker und Signaturen zur Erkennung von klinisch relevantem Prostatakrebs beizutragen. Aufbauend auf die Erkenntnisse der Genexpressionsanalyse wurden Microarray-basierte Experimente durchgeführt, die Assoziationen von Spleißvarianten und miRNAs mit der Progression von Prostatakrebs aufdecken sollen. Die Microarray-Daten wurden zur Netzwerk-Modellierung im Teilprojekt 13 genutzt. Zusammen mit den Resultaten der genomischen Analyse (TP2) sollten neue tumorassoziierte Gene identifiziert werden, die in den Teilprojekten TP4 (Mutations- und Methylierung), TP9 (Serumproteine), TP11 (zelluläre Funktion) und TP12 (organische Funktion) detailliert charakterisiert werden.
Die Analyse der Genexpression (TP5) mittels Affymetrix GeneChipTM Exon 1.0 ST (1.4 Mio Probe Sets, davon ca. 300000 ENSEMBL-annotiert) und der microRNA-Expression mittels qRT-PCR basierter „Low Density Arrays“ wurde für 104 Tumore und Normalgewebe abgeschlossen. Dabei konnten 263 signifikant differenziell exprimierte Gene und 161 deregulierte microRNAs (p<0.05, Fold change >2) identifiziert werden. Ein Vergleich der Genexpression zwischen TMPRSS2:ERG-positiven und -negativen Tumoren ergab ein spezifisches Transkriptionsmuster, dessen Beschreibung publiziert wurde (Brase et al., 2011). MicroRNAs wurden nicht nur im Gewebe, sondern auch im Serum von Prostatakarzinom-Patienten untersucht. Hierdurch wurden zwei potenzielle Progressionsmarker (miR-375, miR-141) identifiziert (Brase et al., 2010a; 2011), die inzwischen in mehreren Publikationen von unabhängigen Gruppen bestätigt wurden. Diese miRNAs wurden als diagnostische Marker für die Prognose des Prostatakarzinoms patentiert. Funktionelle Validierungen mittels Inhibition und Aktivierung der vielversprechendsten Targetgene und microRNAs dauern an. Durch nachfolgende Microarrayexperimente wurden Verbindungen spezifischer microRNAs zu wichtigen onkogenen Prozessen wie Zellzyklus und Invasion gefunden.