NGFN-PLUS

Protein Interaktionsmapping mit Massenspektrometrie

Leitung:    Dr. Anne-Claude Gavin
Institut: EMBL Heidelberg
Homepage: www.embl.de/research/units/scb/gavin/index.html
Für ein Verständnis der Zellphysiologie, aber auch der Pathophysiologie ist die Kenntnis der biochemischen Funktionen einzelner Genprodukte unerlässlich; wichtiger noch dafür ist zu wissen, wie jedes einzelne Genprodukt sich in die Zellmaschinerie einfügt. Proteine interagieren, um Im Wechselspiel mit anderen bauen Proteine Verbindungen auf, die zelluläre Funktionen steuern. Eine Untersuchung der Kommunikation zwischen krebsrelevanten Signalwegen – Signalnetzwerken also, wie sie von IG-CSG identifiziert und quantitativ modelliert werden – setzt die Kenntnis solcher Wechselwirkungen zwingend voraus. Obwohl jedoch bereits zahlreiche Informationen über Signalwege und Netzwerkbestandteile zusammengetragen wurden, ist diese Liste nicht vollständig; noch weniger sogar ist über die Zusammenhänge zwischen einzelnen Komponenten und Wegen bekannt.
Das beantragte Teilprojekt setzt sich die Erstellung einer Interaktionskarte für Proteinkomplexe aus Genkandidaten zum Ziel, die auf Grundlage der in Teilprojekt SP3 durchgeführten Versuche, einer bioinformatischen Initialanalyse sowie von Versuchen zur Netzwerk-Rekonstruktion (SP12, SP13) ausgewählt werden. Geplant ist der Einsatz einer Verbindung von TAP-Markierung und Aufreinigung von Proteinkomplexen, gefolgt von einer Analyse dieser Komplexe durch LC-MS/MS als erwartungstreuen Ansatz, über den sich die Proteinkomponenten von Signalwegen ausgliedern lassen, die für die Arbeit der IG-CSG von Bedeutung sind.