Proteininteraktionsstudien mittels massenspektrometriebasierter Proteomik in in vitro und in vivo Systemen

Leitung:		Prof. Dr. Matthias Mann
Institut:		Max-Planck-Institute für Biochemie, Martinsried
Homepage:		www.biochem.mpg.de/mann/

In diesem Teilprojekt nutzen wir das Potential der proteomischen Analyse um funktionelle Informationen über Gene, die für Mitglieder des DiGtoP im Allgemeinen interessant sind, zu erlangen. Dabei bestimmen wir Interaktionspartner mittels quantitativer Proteomik in Form von SILAC (Stable Isotope Labeling by Amino acids in Cell culture). Echte Interaktionspartner, einschließlich sub-stöchiometrischer und transienter, können durch diese Methode von dem enormen Überschuss an unspezifisch bindenden Hintergrundproteine unterschieden werden. Wir werden diese Technologie an immunopräzipitierten, getaggten Proteinen anwenden, die mittels BACs und zum Teil von endogenen Loci exprimiert wurden. Auf diese Weise können wir sicherstellen, das die Proteine im Gegensatz zu transient überexprimierten Proteinen welche in der Regel für proteomische Interaktionsstudien verwendet werden, auf einem physiologischen Level exprimiert sind und die Bindungen auch in-vivo relevant sind. Die Technologie wird sowohl an murinen als auch an humanen Zellen, einschließlich in neuronale Vorläuferzellen differenzierte Stammzellen angewendet werden. Des Weiteren werden wir mittels hoch auflösender Massenspektrometrie essentiell komplette Proteome von ausgewählten knock-out oder knock-down Zelllinien bestimmen. Dies führt uns neben direkten Interaktionspartnern auch zu einem funktionellen Profil der für uns interessanten Gene.



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