NGFN-TRANSFER
Gesamtgenom- und Transkriptom-Amplifikation in großen Biobanken
| Leitung: | Prof. Dr. Dr. Erich H. Wichmann | |
| Institut: | Helmholz Zentrum München, Institute of Epidemiology (EPI) | |
| Homepage: | www.helmholtz-muenchen.de |
Koordinator: Dr. Christian Korfhage
Institut: Qiagen GmbH
Homepage: www.qiagen.com
Seit Beginn der wissenschaftlichen Medizin werden biologische Materialien gesammelt und aufbewahrt. Seitdem genetische Testverfahren und die Erforschung genetischer Mechanismen immer wichtiger werden, nimmt auch die Bedeutung von Biobanken zu. Denn durch den Vergleich einer großen Anzahl von Proben sowie der dazugehörigen Daten kann man weit reichende Erkenntnisse über Entstehung und Verlauf der Krankheiten gewinnen. Außerdem will man ein besseres Verständnis des Zusammenspiels von genetischer Information und Umwelteinflüssen erreichen. Ein langfristiges Ziel ist dabei die Entwicklung neuer Diagnose- und Behandlungsmethoden sowie neuer Präventionsstrategien.
Eine standardisierte, hochwertige Probenaufbereitung und -stabilisierung ist dabei die Voraussetzung für verlässliche und aussagekräftige Forschungsergebnisse. Allerdings stellt sich für die „biobank“ Forscher oft folgendes Problem: sie können nicht genügend Material aus den oft limitierten Probenvolumina gewinnen; für einzelne Reinigungsschritte mussten die Proben bislang zerteilt werden.
Abhilfe kann die Multiple Displacement Amplification (MDA) schaffen. Mit dieser Methode ist es möglich, durch Amplifikation ausreichende Mengen genomischer DNA auch von stark limitierten Proben zu erhalten. Damit gewährleistet diese Methode eine ausreichende Menge an DNA für alle durchzuführenden Analysen. Für die Amplifikation von Nukleinsäuren ist jedoch die Qualität des Startmaterials von entscheidender Bedeutung. Zentrales Thema des Vorhabens ist deshalb die Entwicklung von Testsystemen, die eine Standardisierung der Qualität des Startmaterials und des Endproduktes nach der MDA erlauben. Zudem werden neue Methoden für die Gesamtgenom- und Transkriptom-Amplifikation (WGA und WTA) entwickelt, die eine Amplifikation von DNA aus Blutplasma oder Serum und die cDNA aus Paraffin-eingebetteten Proben erlauben. Das Projekt konzentriert sich auf die Standardisierung, Validierung und Anwendung dieser innovativen Methoden im Rahmen von großen Biobankprojekten.
Detaillierte aktuelle Ergebnisse finden Sie in den Beschreibungen der Teilprojekte.
Institut: Qiagen GmbH
Homepage: www.qiagen.com
Seit Beginn der wissenschaftlichen Medizin werden biologische Materialien gesammelt und aufbewahrt. Seitdem genetische Testverfahren und die Erforschung genetischer Mechanismen immer wichtiger werden, nimmt auch die Bedeutung von Biobanken zu. Denn durch den Vergleich einer großen Anzahl von Proben sowie der dazugehörigen Daten kann man weit reichende Erkenntnisse über Entstehung und Verlauf der Krankheiten gewinnen. Außerdem will man ein besseres Verständnis des Zusammenspiels von genetischer Information und Umwelteinflüssen erreichen. Ein langfristiges Ziel ist dabei die Entwicklung neuer Diagnose- und Behandlungsmethoden sowie neuer Präventionsstrategien.
Eine standardisierte, hochwertige Probenaufbereitung und -stabilisierung ist dabei die Voraussetzung für verlässliche und aussagekräftige Forschungsergebnisse. Allerdings stellt sich für die „biobank“ Forscher oft folgendes Problem: sie können nicht genügend Material aus den oft limitierten Probenvolumina gewinnen; für einzelne Reinigungsschritte mussten die Proben bislang zerteilt werden.
Abhilfe kann die Multiple Displacement Amplification (MDA) schaffen. Mit dieser Methode ist es möglich, durch Amplifikation ausreichende Mengen genomischer DNA auch von stark limitierten Proben zu erhalten. Damit gewährleistet diese Methode eine ausreichende Menge an DNA für alle durchzuführenden Analysen. Für die Amplifikation von Nukleinsäuren ist jedoch die Qualität des Startmaterials von entscheidender Bedeutung. Zentrales Thema des Vorhabens ist deshalb die Entwicklung von Testsystemen, die eine Standardisierung der Qualität des Startmaterials und des Endproduktes nach der MDA erlauben. Zudem werden neue Methoden für die Gesamtgenom- und Transkriptom-Amplifikation (WGA und WTA) entwickelt, die eine Amplifikation von DNA aus Blutplasma oder Serum und die cDNA aus Paraffin-eingebetteten Proben erlauben. Das Projekt konzentriert sich auf die Standardisierung, Validierung und Anwendung dieser innovativen Methoden im Rahmen von großen Biobankprojekten.
Detaillierte aktuelle Ergebnisse finden Sie in den Beschreibungen der Teilprojekte.
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