Epigenetische Analyse zur therapeutischen Patienten-Stratifizierung

Leitung:		Dr. Jörg Hoheisel
Institut:		DKFZ Heidelberg
Homepage:		www.dkfz.de

Das Hauptziel dieses Teilprojekts ist die Nutzung eines Satzes an epigenetischen Markerveränderungen zur Stratifizierung von Patienten vor einer Therapieanwendung sowie zur Verfolgung eines Therapieverlaufs. Zu Beginn wird mit etwa 500 Genen gearbeitet, in deren Promotoren und ersten Exons die epigenetischen Muster detailiiert analysiert werden, einschließlich der Veränderungen, die während einer Therapie auftreten. Ein Fokus werden dabei die Promotoren von microRNA Genen sein, die eine höhere Hierachie-Ebene der Regulation darstellen. Wir werden sowohl Tumorgewebe wie auch Serumproben analysieren. Für die Proben ist „follow-up“ Information über den Erfolg/Misserfolg der adjuvanten Therapieprotokolle vorhanden. Zweitens werden Gewebe- und Serumproben von Individuen analysiert, die pallativer Chirurgie und anschließender Behandlung unterworfen waren. Auch hier sind entsprechende „follow-up“ Daten vorhanden. Die Analysen basieren auf einer Bisulfit-Behandlung genomischer DNA. Unmethylierte Cytosine werden in Uracil und nach PCR in Thymin umgewandelt, während methylierte Cytosine nicht beeinflusst werden. Aufgrund der wesentlich höheren Stabilität von DNA im Vergleich zu RNA und wegen des Fehlens artifizieller Einflüsse auf den Methylierungszustand von DNA während der Probenpräparation sind epigenetische Veränderungen besser für die Diagnostik geeignet als beispielsweise „RNA-Profiling“. Während der Laufzeit des Projekts wird die Zahl der analysierten CpG-Dimere reduziert werden. Nur informative Dimere werden weiter verfolgt. Zusätzlich zu den Untersuchungen an menschlichem Material werden wir vergleichende Studien zwischen Proben von den Mausmodellen und menschlichen Proben vornehmen, um ähnliche Veränderungen zu identifizieren und die Relevanz der Mausmodelle für die menschliche Situation zu dokumentieren. Mittels dieser Modelle soll die an menschlichem Material gewonnene Information integriert und validiert werden, um eine effiziente Plattform für das Testen neuer therapeutischer Ansätze zu gewinnen