Qualitätsmanagement

Leitung:		Prof. Dr. Sylvia Hofmann
Institut:		Institut für Klinische Molekularbiologie
Homepage:		www.ikmb.uni-kiel.de

Die Identifizierung genetischer Riskiofaktoren für komplexe Krankheiten basiert grundlegend auf der verlässlichen Verknüpfung phäno- und genotypischer Patientendaten. Der Zugriff auf umfangreiche Genotyp-Datenbanken, Sequenzierkapazitäten sowie Infrastrukturen zur systematische Datenprozession und -analyse ist deshalb fundamental. Da der wissenschaftliche Schwerpunkt des Netztwerkes vor allem auf der systematischen Identifizierung von Krankheitsgenen liegt, ist das primäre Ziel des Teilprojektes TP1 die Etablierung von Hochdurchsatz-Technologieplattformen um eine zeiteffiziente und kostengünstige Nachverfolgung von Kandidatengenen, welche im Rahmen des IG basierend auf genomweiten Assoziationsstudien (GWAS) identifiziert werden, zu ermöglichen.

Die Plattformstrukturen umfassen:
A)   die automatisierte DNA-Extraktion und Probenlagerung (popgen Biobank)
B)   Hochdurchsatz-Genotypisierung: eine hochautomatisierte Genotypisierungsplattform wurde bereits innerhalb NGFN2 etabliert und wird von der Mehrzahl der IG-Kollaborationspartner frequentiert
C)   Sanger-Sequenzierung: für die Resequenzierung von Kandidatenregionen, welche ein hohes Kopplungs-Muster (Haplotyp-Blockstruktur, siehe auch www.aerzteblatt.de/v4/archiv/artikel.asp?id=34575) aufweisen, hat sich diese Plattform (96-Kapillarsequenzierer / Applied Biosystems (AB)) als sehr effizient erwiesen
D)   Präparation von DNA-Libraries für massives, paralleles Sequenzieren (MPS)
E)   MPS: aktuell wird eine Ultra-Hochdurchsatz-Sequenzierplattform etabliert, basierend auf zwei komplementären 2nd Generation Sequenziersystemen (FLX / Roche sowie SOLiD / AB), welche eine systematische Resequenzierung potentieller Krankheits-Loci in grossen Stichproben erlaubt
F)   Copy number variation (CNV)-Genotypisierung/-Analyse: eine bioinformatische Analyse- und Replikationsinfrastruktur wird für CNV-spezifische Analysen und die gezielte Nachverfolgung von GWAS-Daten, welche während NGFN2 generiert wurden, etabliert
G)   Detektion von Methylierungsmustern: im Rahmen des Teilprojektes wird eine Methylierungs- und Expressionsplattform aufgebaut, die sowohl die Erstellung genomweiter als auch kandidatengenspezifischer Profile erlaubt
H)   Management von Genotypisierung- und Sequenzdaten: dies soll ermöglichen, dass individuelle Projektdaten verschiedener Kollaborationspartner einer Qualitätskontrolle und Analyse durch andere Netzwerkpartner unterzogen werden können. Dies ermöglicht auch die dauerhafte Datenaufbewahrung.