Vergleich von Krebsgenomen

Leitung:		Dr. Tim Strom
Institut:		Helmholtz Zentrum München
Homepage:		www.helmholtz-muenchen.de

Wir entwickeln einen Anreicherungsprozeß für genomische DNA, um mittels Hochdurchsatz-Sequenzierung definierter Loci in Krebspatienten Mutationen, Deletionen und SNP's zu identifizieren. Wir werden sowohl Exons und Spleißsignale als auch Promotorsequenzen für bis zu 400 loci parallel analysieren. Für Methylierungsanalysen der Promotorregionen werden wir die Methode der Bisulfit-Behandlung so weiter entwickeln, dass Mengen im Bereich von pg konvertiert und anschließend sequenziert werden können.
Als "goldenen Standard" werden wir Sequenzinformationen der gleichen Proben verwenden, die mit Hilfe von klassischen Methoden generiert wurden (im Rahmen von NGFN2/NGFN plus Brain Tumor Net).