NGFN-PLUS

Parallelisierte funktionelle Charakterisierung

Leitung:    PD Dr. Malte Buchholz
Institut: Philipps-Universität Marburg, Klinik für Innere Medizin SP Gastroenterologie
Homepage: www.uni-marburg.de
In vorausgegangenen Hochdurchsatz-Genexpressionsstudien mit Pankreaskarzinomgeweben und –zelllinien haben wir ca. 2000 Kandidatengene identifiziert, die anschließend mit Hilfe von Kandidatengen-Arrays weiter charakterisiert wurden. Nach bioinformatischer Evaluation der Ergebnisse und funktioneller Annotation der Genprodukte wurden 80 Kandidatengene ausgewählt, die in diesem Teilprojekt mit Hilfe der ‚Reverse Transfection Array’-Technologie in hoch-parallelisierten funktionellen Analysen funktionell charakterisiert werden sollten. Das Prinzip dieser Technik besteht darin, Fluoreszenz-markierte Expressionskonstrukte auf Glasobjektträger zu ‚spotten’, die anschließend mit Zellkulturen von Tumor- und Kontrollzellen übersät werden, so dass die Zielgene an den entsprechenden Positionen auf dem Array in den Zellen zur Expression kommen. Anschließend wurde, u.a. mit Hilfe von Antikörperfärbungen, eine Vielzahl von funktionellen Tests durchgeführt, so z.B. zur zur Auswirkung der Genexpression auf Wachstumsgeschwindigkeit, Beweglichkeit, Überlebensfähigkeit und Differenzierung der transfizierten Zellen. Insgesamt wurden 14 vielversprechende Kandidaten für weitergehende detaillierte Analysen ausgewählt. Eine erste Publikation zur Rolle des Kandidatengens Galectin-3 (Gal-3) im Pankreaskarzinom ist bereits erschienen. Weiterreichende und bisher unbekannte onkogene Funktionen wurden ebenso für die Kandidatengene Cofilin-1 und FASTK im humanen Pankreaskarzinom entdeckt. In vivo-Versuche mit implantierten Tumorzellen zeigten darüber hinaus ein signifikant vermindertes Tumorwachstum nach Inaktivierung dieser Gene. Arbeiten zur Identifizierung der molekularen Mechanismen, die die Wachstumshemmung nach Herunterregulation der Zielgene vermitteln, sowie weitere Untersuchungen zu diesen und den weiteren Kandidatengenen werden auch über das Projektende hinaus fortgesetzt.