Erstellung und systematische Analyse von Protein-Protein Interaktionsnetzwerken

Leitung:		Prof. Dr. Erich Wanker
Institut:		Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin (MDC) Berlin-Buch
Homepage:		www.mdc-berlin.de

Protein-Tyrosin-Kinasen (PTKs) sind wichtige Regulatoren der intrazellulären Signal-Transduktionswege und ihre Aktivität wird in der Regel stark kontrolliert und reguliert. Eine Einflussnahme auf die PTK Signaltransduktion durch Mutationen und andere genetische Veränderungen führt zur Deregulierung der PTK Aktivität und zur Krebsentstehung. In diesem Unterprojekt haben wir das Ziel, ein umfassendes Protein-Interaktionsnetzwerk zu generieren für humane cytoplasmatische Protein-Tyrosin-Kinasen und ihre in bioinformatischen und Sequenzierungsstudien identifizierten mutierten Gegenstücke. Dafür werden wir ein Roboter-basiertes Yeast-2-Hybrid (Y2H) Protein-Protein Interaktions (PPI) Hochdurchsatz-Verfahren, Massenspektromerie-basierte Proteomik sowie die Bioinformatik nutzen. Die Informationen über die Protein-Komplexe werden dann verwendet für die systematische Identifizierung von Modulatoren der PTK-Signaltransduktion unter Einsatz Zell-basierter Methoden. Dies beinhaltet sowohl den systematischen RNAi knock-down als auch Überexpressionsexperimente mit etablierten Zell-Modellsystemen um Proteine zu identifizieren, die die Signaltransduktion im humanen Krebserkrankungen beeinflussen. Von den Ergebnissen dieses Unterprojektes ist zu erwarten, dass sie unseren Partnern im MUTANOM-Konsortium helfen werden, neue Tumor-Suppressoren oder Onkogene bei der Genotypisierrung von Patienten und phänotypischen Analysen zu identifizieren. Des Weiteren könnte dieses Unterprojekt dazu beitragen, neue onkogene Kinase-Signaltransduktionswege aufzuklären und neue Ansatzpunkte für die Medikamentenentwicklung zur Therapie zu finden.

Protein-Protein-Interaktions (PPI) Screening.
(a) Einer der Roboter, die für das Hochdurchsatz Yeast Two-Hybrid PPI Screening verwendet werden, (b) ein Beispiel-PPI-Netzwerk wie es in unserem Labor erstellt wird und (c) eine Platte mit einigen positiven PPIs.



Weiterer relevanter Internet-Link:
The Mutanom project