NGFN-PLUS

Quantitative Darstellung der Topologie und Dynamik von Proteinnetzwerken

Leitung:    Dr. Rainer Pepperkok
Institut: European Molecular Biology Laboratory, Heidelberg
Homepage: www-db.embl.de/jss
Netzwerke der Signaltransduktion und Protein-Protein Wechselwirkung in lebenden Zellen sind durch ihre räumliche und zeitliche Topologie definiert. Die Interaktionen sind äußerst dynamisch und ändern deshalb sehr schnell ihre Stärke als Antwort auf Stimulierungen durch Wachstumsfaktoren. Auf diese Art und Weise können sich Zellen sehr schnell auf Änderungen der Umgebung einstellen und ihr Gen Expressionsmuster dementsprechend verändern. Deshalb erfordert das Verständnis von physiologischen und pathophysiologischen Prozesses in Zellen und Organismen ein quantitatives Verständnis der Topologie und Dynamik von Proteinnetzwerken.
Dieses Teilprojekt hat es zum Ziel die funktionellen  und biochemischen Daten entsprechender Teilprojekte des IG Cellular Systems Genomics in den „lebende Zellen“ Kontext zu übersetzen. Um dies zu erreichen werden zunächst mittels Hochdurchsatz Mikroskopie die zelluläre Lokalisierung und Dynamik von einzelnen Netzwerkkomponenten quantitativ bestimmt. Diese Arbeiten werden dann mit einem eigens hiefür entwickelten Hochdurchsatz Mikroskopverfahren zur Interaktionskartierung von Netzwerkkomponenten und deren Dynamik ergänzt. Die so erhaltenen Daten von verschiedenen Brustkrebszelllinien werden dann mit den Daten anderer Teilprojekte korreliert und mit den Daten, die mit primären Tumorzellen erhoben werden verglichen. Wir erwarten dadurch ein verbessertes Verständnis von Netzwerkdynamiken, die verschiedenen Krebsstadien zugrunde liegen, zu erhalten, um letztendlich Ansätze für verbesserte Brustkrebstherapien definieren zu können.




                            





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