NGFN-PLUS

DiGtoP Bioinformatik – Ressourcenentwicklung und vergleichende Netzwerkanalyse

Leitung:    Prof. Dr. Toby Gibson                                                                             Dr. Jens Hansen
Institut: European Molecular Biology Laboratory Heidelberg (EMBL)                              Helmholtz Zentrum München
Homepage: http://www.embl.de/research/units/scb/gibson/index.html
Im Mittelpunkt des Verbundes steht die Untersuchung des regulatorischen Kontextes relevanter Krankheitsgene des Menschen. Das Ziel dieses Teilprojektes ist der Aufbau einer Ressource für die Datenspeicherung und -distribution und die Datenanalyse der gewonnen Informationen zur Untersuchung der zugrundeliegenden regulatorischen Netzwerke. Im TP wurde eine web-basierte elektronische Plattform erstellt, die die Ergebnisse und Ressourcen, die vom Verbund entwickelt wurden, allen Mitgliedern des Verbunds und der Forschungsgemeinschaft zugänglich macht. Die in DiGtoP gemessenen physikalischen Interaktionen der krankheitsrelevanten Proteine sind ebenfalls strukturiert in einer Datenbank erfasst. Um den Zugang zu den Interaktionsdaten zu ermöglichen, stehen Werkzeuge bereit, die eine standardisierte Datenausgabe ermöglichen: Für den programmgestützten Zugang steht ein Webservice zur Verfügung, für den browsergestützten Zugang eine Suchmaschine, sowie standardisierte Berichte, die einen Überblick über den gesamten Datenbestand ermöglichen. Die gemessenen interagierenden Proteine konnten den entsprechenden Genen zugeordnet werden. Zur Ermittlung ihres Krankheitsbezugs wurden die Daten mit öffentlich zugänglichen genomweiten Assoziationsstudien sowie Daten zu genetisch bedingten Krankheiten abgeglichen. Die im Verbund gewonnen Daten stehen in strukturierten Formaten für Netzwerkmodellierungen und vergleichende Netzwerkanalysen in TP 7B zur Verfügung. 


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