Datenintegration und Erstellung von Phänotyp-Protein-Wirkstoff Netzwerken

Leitung:		Dr. Miguel Andrade
Institut:		Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin (MDC) Berlin-Buch
Homepage:		cbdm.mdc-berlin.de/

Das Ziel des Teilprojektes besteht in der Entwicklung einer Projektdatenbank für alle experimentellen Daten, die von den Projektpartnern generiert werden. Diese Informationen  sollen, wenn möglich, mit öffentlich zugänglichen Daten verknüpft werden.

Im Rahmen dieses Projektes sollen zudem auf Basis von Phänotyp/Genotyp-Relationen neue Beziehungen von

i) Genen und Krankheiten,
ii) Proteinwechselwirkungen bzw. funktionalen Modulen und Krankheiten und
iii) Wirkstoffe, die einen Effekt auf Gene oder funktionale Module haben, vorausgesagt werden.

Nach Aufbau einer MySQL Datenbank werden mit den Projektdaten zunächst Phänotyp-Interaktionsnetzwerke erstellt. Von diesen Netzwerken werden Korrelationen zwischen Phänotyp und Genotyp abgeleitet und durch weitere Experimente der Projektpartner überprüft. Abschließend soll die Interpretation der Genotyp/Phänotyp-Relationen umfassenden Aufschluss über krankheitsrelevante Wechselwirkungen erbringen.
Das Projekt wird in enger Zusammenarbeit zwischen den Arbeitsgruppen von Dr. Miguel Andrade (MDC, Berlin) und Prof. Dr. Peer Bork (European Molecular Biology Laboratory, Heidelberg) durchgeführt.



                                     


Abbildung:
Wir benutzen Methoden des Textmining und Datamining um aus öffentlich zugänglichen Datenbanken für unser Projekt Informationen zu gewinnen. Das Bild zeigt einen Ausschnitt aus der Zusammenfassung eines wissenschaftlichen Textes; Namen von Proteinen und ein einzelner Satz sind im Zusammenhang von phosphorylierungsabhängigen Protein-Protein-Interaktionen als aufschlussreich gekennzeichnet.






Weiterer relevanter Link:  http://www.bork.embl.de/j/