Entwicklung einer Bisulphit-Hochdurchsatz-Sequenzierungsplatform in Kombination mit integrierter Bioinformatik

Leitung:		Prof. Dr. Jörn Walter
Institut:		Universität des Saarlandes FR8.3 Biowissenschaften Genetik/Epigenetik
Homepage:		www.uni-saarland.de

Im Teil-Projekt werden neue Konzepte und Verfahren zur Epigenomanalyse für die Tumorgenese etabliert und diagnostische epigenetische Marker identifiziert. Die Ergebnisse sollen in Zusammenarbeit mit weiteren klinischen Partnern im NGFN-Plus für die Analyse komplexer Erkrankungen zur Verfügung werden. Experimentell steht die Entwicklung und Anwendung einer Bisulphit-Sequenzierungs-Pipeline(Bi-PROF) zur DNA-Methylierungs-analyse definierter Zielgenen/Regionen sowie die Etablierung genomweiter hochauflösender bisulphit- Sequenzierungsprotokolle (Bi-SEQ) auf einer GS20 Plattformen im Vordergrund. Bioinformatisch wird der Aufbau einer Datenbank und Auswertetools für die Bisuplhit- Sequenzieranalysen generiert und für die Vorhersage und Priorisierung von DNA-Methylierungs-Ziel-Regionen genutzt. Für das Gesamtprojekt werden integrierte Epigenomananlysen, evolutionäre Vergleiche zwischen Maus und Mensch sowie Prädiktion sowie Validierung von epigenetischen Tumormarkern durchgeführt.