Funktionelle Genomik von HDL Cholesterin Subklassen

Leitung:		Dr. Marcus Fischer, Dr. Patrick Diemert
Institut:		Universität Regensburg
Homepage:		www.uniklinikum-regensburg.de

Ziel war es, genetische Varianten zu identifizieren, die die Verteilung und Konzentrationen der HDL-Cholesterin Subfraktionen beeinflussen. Durch die damit verbundene Kenntnis der zugrundeliegenden biologischen Mechanismen, könnte ein besseres Verständnis der atherogenen und atheroprotektiven Wirkmechanismen des HDL-Cholesterins herbeigeführt werden. Um dieses zu erreichen, werden wurden die bereits vorhandenen Ressourcen genomweiter Kopplungs- und Assoziationstudien mit NMR-spektroskopisch gemessenen Phänotypen der HDL-Subklassen genutzt. Dabei konnten zwei signifikante QTLs identifiziert werden, in denen sich mit hoher Wahrscheinlichkeit Gene und regulative Elemente befinden, die HDL-Partikelgrösse und HDL-Konzentration determinieren.

Folgende Punkte wurden zusammen an den Standorten Regensburg und Lübeck bearbeitet:

1. Statistische Analyse einer genomweiten Assoziationsstudie (German MI Family Study, abgeschlossen)

2. Imputation der genomweiten Assoziationsstudie (abgeschlossen)

3. Nachgenotypisierung weiterer Teilnehmer der Deutsche MI Family Study zur Maximierung der Fallzahl (abgeschlossen)

4. Re-Analyse des erweiterten Datensatzes, inkl. imputierter Genotypen (abgeschlossen)

5. Phänotypisierung eines Replikationskollektivs (KORA F4) (abgeschlossen)

6. Statistische Analyse für die Replikationskollektive (abgeschlossen)

Mit Ausnahme bereits identifizierter HDL-Cholesterinloci (LIPC, CETP) konnten keine weiteren genomweit signifikanten Loci identifiziert werden. Insgesamt konnte nur eine geringe Übereinstimmung der Ergebnisse in den untersuchten Kollektiven detektiert werden. Unter Einschluß der KORA-F4-genomweiten Assoziationsstudie konnte das das Projekt erfolgreich und im Zeitplan abgeschlossen werden (Petersen AK, Stark K, Musameh MD, Nelson CP, Römisch-Margl W, Kremer W, Raffler J, Krug S, Skurk T, Rist MJ, Daniel H, Hauner H, Adamski J, Tomaszewski M, Döring A, Peters A, Wichmann HE, Kaess BM, Kalbitzer HR, Huber F, Pfahlert V, Samani NJ, Kronenberg F, Dieplinger H, Illig T, Hengstenberg C, Suhre K, Gieger C, Kastenmüller G. Genetic associations with lipoprotein subfractions provide information on their biological nature. Hum Mol Genet. 2012 Mar 15;21(6):1433-43. Epub 2011 Dec 8.).