Protein-Analyse von Formalin-fixiertem Brustkrebsgewebe zur Diagnose, Prognose und Therapie

In fast allen Ländern ist das Fixieren von klinischen Gewebeproben mit Formalin und Einbetten in Paraffin zur nachfolgenden histopathologischen Untersuchung ein Standardverfahren, um erkranktes von gesundem Gewebe zu unterscheiden. Proteine lassen sich bisher nur schwer in Formalin-fixierten, Paraffin-eingebetteten (FFPE) Geweben quantitativ oder mittels hochauflösender Techniken untersuchen. Der Grundgedanke unseres aus drei Teilprojekten bestehenden Verbundvorhabens ist die Anwendung einer uns eigenen Technologie zur Extraktion von intakten Proteinen aus FFPE Gewebeproben in den klinischen Routinebetrieb zur Bestimmung von Biomarkern für die individualisierte Tumortherapie. Dabei konzentrieren wir uns zunächst auf Brustkrebs.
 
Die Gesamtziele des Verbundvorhabens sind:
1. therapeutisch wichtige Proteine in klinischen Brustkrebsgeweben exakt zu bestimmen und
2. durch Ausweitung unseres Verfahrens auf hochauflösende Proteintechniken andere Tumor-assoziierte Biomarker zu identifizieren und zu charakterisieren.

Die spezifischen Ziele unseres Vorhabens sind:
Teilprojekt 1: quantitative Bestimmung der Invasionsproteine uPA und PAI-1 beim nodal-negativen Mammakarzinom zur Unterstützung der Therapieentscheidung;

Teilprojekt 2: quantitative Bestimmung von Tyrosinkinasen und davon abhängigen Signalwegen zur Vorhersage des Therapieansprechens;

Teilprojekt 3: Einsatz der 2D-Gelelektrophorese und Massenspektrometrie zur Charakterisierung von Proteinen aus FFPE-Geweben.

Die quantitative Bestimmung Therapie-entscheidender Biomarker aus FFPE-Geweben bei Brustkrebspatientinnen soll als diagnostisches Verfahren verwertet werden. Unsere hier erarbeiteten Ergebnisse sollen darüber hinaus die Basis zur Herstellung neuer kommerzieller Komplettpakete („Kits“) für die Forschung und den klinischen Einsatz bilden. Mit unserem national und international bedeutsamen Verfahren werden sich in Zukunft Tumorbiomarker in FFPE-Geweben in vielen Kliniken auf der ganzen Welt für die Unterstützung Patienten-maßgeschneiderter Therapienverlässlich quantifizieren lassen  ohne den derzeitigen klinischen Ablauf entscheidend ändern zu müssen.







Gewebeausschnitt
In allen histologischen Labors werden Gewebeproben mit Formalin fixiert und in Paraffin eingebettet. Eine eigene Technologie für den klinischen Einsatz soll die Extraktion von Proteinen aus diesen Gewebeblöcken verbessern.